Развитие системы расселения в Российской Федерации идет по пути образования и развития городских агломераций. Юридическим проявлением этого процесса становится создание органов управления городскими агломерациями на основе межмуниципального сотрудничества и / или перераспределения полномочий между органами местного самоуправления и субъектом РФ. Массовое распространение этого процесса и слабая его изученность в юридической науке предопределяют актуальность данного исследования. По итогам анализа практики развития органов управления городскими агломерациями предлагается выделение четырех моделей управления агломерациями в России: горизонтальной, вертикальной, смешанной и модели города федерального значения. Горизонтальная модель основана на межмуниципальном сотрудничестве без прямого юридически оформленного участия субъекта РФ. Вертикальная модель основана на прямом региональном управлении агломерацией путем использования механизма перераспределения полномочий. Смешанная модель предполагает координацию действий органов исполнительной власти субъектов РФ и муниципальных образований на основе образования совещательного органа – Координационного совета. В статье аргументируется, что ни одна из моделей не является универсально применимой, каждая из них обладает сильными и слабыми сторонами. Выбор модели управления должен быть основан на специфических особенностях конкретной городской агломерации.